기괴한 호문쿨루스 영화 주인공 나코시는 노숙자들이 가득한 고층 건물과 공원 중앙 도로에 차를 세워둔 채 차 안에서 사는 노숙자다. 또한 돈이 많아서 스테이크를 썰고 고급 레스토랑에서 와인을 마신다. 영화에서, 나카시는 스스로 감정을 느끼지 못하고 기억 상실까지 겪는다.그러던 중 인턴 의사라는 의문의 청년 이토 마나부가 다가와 일자리를 제안한다. 두개골에 구멍 뚫는 천공술을 권하며 자아를 찾도록 설득해 삶의 의지를 잃은 나코스는 결국 수술을 받는다.
구멍을 뚫는 것은 두개골을 막는 뇌의 능력을 증가시키고 특별한 육감을 활성화시킨다는 것이 이토의 이론이다. 사실 수술 후 왼쪽 눈으로 세상을 보니 사람들이 이상한 모습으로 보이게 된다. 그들은 모두 기이한 모습을 하고 있다.이 괴상한 모습은 다른 사람들의 트라우마를 반영한 것이다. 무슨 뜻인지는 모르겠지만, 숨겨진 것들이 나코시에게 보여진다. 이것이 영화가 의미하는 바이다. 호문쿨루스는 상대방을 흥미롭게 관찰하면 본질과 내면을 볼 수 있다는 것이다.
한 여고생은 모래에 둘러싸여 있었는데, 갑자기 여고생를 공격한다.로봇처럼 생긴 야쿠자도 있다.어린 시절의 기억이 오늘날까지 고통받고 있다.나코시가 이런 트라우마를 가진 사람들을 만나 치유하는 모습을 보여준다.그러던 중 얼굴 없는 여자와 마주치게 되고, 잃어버린 기억이 되살아나고, 진실과 마주치게 된다. 왜 기억을 잃었는지, 사랑하는 연인이 왜 얼굴이 없어보였는지, 이 여자가 사랑하는 여자인지 등 후반부로 가면서 나코시는 진실을 마주한다.
결국 나코시는 기억을 되찾았고, 얼굴 없는 여자는 지금의 연인이 되어 차를 몰고 떠난다. 한편 천공을 제안한 이토는 호문쿨루스가 거짓이며 본인의 대천문에 구멍을 뚫는 것으로 끝이 난다. 그것은 또한 자살을 의미하며, 열린 결말로 끝이 난다.
